Католическата църква е една от най-преследваните, ограничавани и репресирани от властта в годините след 9 септември 1944 г., въпреки че в България католицизмът има сравнително малко последователи. От разкритите архиви на Държавна сигурност може да се проследи държавната политика към католиците. В периода 1950-1952 г. висшето духовенство и свещениците - католици са подложени на тормоз и преследване. В поредица от политически съдебни процеси католическия елит е обвинени за "връзки с чужди разузнавания", "шпионаж" и създаване на нелегални организации за извършване на "подривна дейност".

В процеса срещу католическите свещеници са издадени 6 смътни присъди. Повече от 70 души са осъдени на различен срок. Трима - на 20 години затвор, 9 -на 15 години, 4 -на 14 години и т.н. С Указ №88 на Президиума на Народното събрание на Народна република България от 12 март 1953 г. се конфискуват в полза на държавата недвижими и движими имоти, принадлежащи на католическата църква.

Инструкциите за репресиите срещу католиците идват директно от министър-председателя Георги Димитров през 1948 г. В докладна записка до него от 9 април 1948 г., подписана от Димитър Илиев - директор на изповеданията, която започва със "съгласно личните ви инструкции", се дава сведение за броя на католиците и евангелистите в страната. Католиците са 56 656, а протестантите 15 744 според записката. "Католиците и евангелистите, както е известно, са по същество агентури на Ватикана и Вашингтон, поддържат важни връзки с империалистическия лагер, имат много движими и недвижими имоти и корени всред българския народ и разполагат с необходимите финансови средства и организационен апарат за водене на агитация и пропаганда", пише Илиев.

В докладната до Георги Димитров той пише още, че се налага вземане на всички необходими мерки за недопускане на тези "религиозни фанатици" да се превърнат в "пета колона" на западните държави.

По това време Димитър Илиев е с ранг пълномощен министър в Министерството на външните работи, а външен министър е Георги Илиев Андрейчин, известен и като Джордж Балканец. Андрейчин е американски, съветски и български профсъюзен и партиен деец, той е арестуван на 29 април 1949 г. Години след това се разбира, че е разстрелян от НКВД през 1950 г. Димитров междувременно почива в Москва през юли 1949 г., но наследникът му Вълко Червенков продължава борбата с католицизма.

Планът за неговия арест е с дата 17 февруари 1950 г. на "основание постъпили агентурни данни за готвено покушение срещу министър-председателя на Народна република България". Главните задачи "пред групата за борба с католицизма" са описани в докладна от април 1950 г. - "разкриването, разобличаването и ликвидирането на капиталистическата агентура, прикриваща се под маската на католическата църква в България". В началото на 1951 г. се прави предложение за откриване на централизирана агентурна разработка "на католическите свещеници, уличени в услуга на френското разузнаване". Предвидени са и "активни мероприятия" за привличане на агенти, за отец Иван Романов е планирано дори "снимане с жена".

В разработката за Гюлов, който е доктор по богословие и философия с диплома от Италия, се вижда, че той е дразнил Държавна сигурност със свои изказвания. "В своите изказвания с обидни думи нарича правителствени лица. Така за др. Георги Димитров казва, че е "тиквеник", "серсемин", "идиот" и ред цинични думи. Министрите нарича "кавказки катили", др. Цола Драгойчева (партизанка, първата жена министър - на пощите, телеграфите и телефоните, в историята на България - бел. авт.) "кобила" и т.н.", пише в разработката за отец Гюлов. Дамян Гюлов е поставян няколко пъти в карцер заради "нахално и провокационно държание". В едно от предложенията за карцер на ст. следовател. Б. Червенушев от 3 май 1951 г. се вижда в какво се състои "нахалното държане". "Аз съм тук не защото съм престъпник, а защото съм католически свещеник. Това е религиозно гонение срещу католиците." "Вашето твърдение е клевета, въображение и измислици. Напишете вие това, което знаете, аз ще го подпиша", е казал отец Гюлов, с което е предизвикал карцера си.

От друг документ се вижда, че Гюлов, който е бил монах и игумен на манастира на капуцините към църквата "Св. Йосиф" в София, понася побой, след като се е отказал от първоначалните си показания. В крайна сметка Гюлов е осъден на 14 януари 1952 г.на 12 години затвор по няколко обвинения, от които излежава 8. Едно от обвиненията, по което получава 1 г. затвор, че "давал преценки и разгласявал факти и обстоятелства, които са от естество да увредят добрите отношения на нашата страна със СССР". Той прекарва в следствието 697 дни.

Масовите репресии над католически духовници започват със задържане на католически свещеници, като предложението за това е от 27 юни 1952 г. Повдигнати са обвинения срещу 40 души за създаване на нелегална организация за шпионаж, подпомагане на нелегални лица и други "врагове на народа", агитация срещу режима и колективизацията. Уличени в "шпионаж в полза на френското разузнаване" са католическите свещеници: Камен Вичев, Павел Джиджев, Петър Сарийски и Фортунат Бакалски.

Аргумент за това, че доказателствата са изтръгвани с насилие, е предложението на старши следовател Ив. Албански, утвърдено от министъра на външните работи Георги Цанков и всички под него по веригата. "Поради "дръзко" и "провокационно" държание към следствието от страна на Фортунат Бакалски се предлага спрямо него да се употреби на два пъти физическо насилие", пише в одобреното предложение на Албански. Фортунат Бакалски умира по време на следствието, а като причина за неговата смърт е посочена двустранна бронхопневмония с последвала остра сърдечна недостатъчност.

Процесът продължава от 29 септември до 3 октомври – четирима души са осъдени на смърт чрез разстрел: никополският епископ Евгений Босилков, отец Камен Вичев, отец Павел Джиджов и отец Йосафат Шишков.

През 1994 г. папа Йоан Павел II официално признава мъченичеството на епископ Евгений Босилков.

Развитието на следствения процес срещу католическите свещеници се следи от Вълко Червенков, който в резолюция до Георги Цанков отбелязва: "По отношение на католиците трябва да се действа решително. Да се подготви процес по направените разкрития и да се разгромят до основи католишките бандитски гнезда в България. По това ние ще се съветваме с нашите приятели"

През септември 1952 г. е отправено предложение за закриване на съществуващите католически женски ордени. Предлага се да бъдат разтурени монашеските общества, като всички имащи близки в страната да се изпратят при тях. Тези, които нямат близки, да бъдат изпратени на работа в общежитието на католическата църква, а чужденците да бъдат екстрадирани.

След процесите от 1952 г. Държавна сигурност отбелязва в своите отчети и доклади, че вражеската дейност по линия на католическото духовенство се характеризира с вражески изказвания, възстановяване на връзките с чужденци, чувства се засилване на религиозната дейност. Католическото население, включително свещениците, си остава на вражески позиции. Опитите да се вербуват сътрудници сред католическите свещеници в ТВО (трудово-възпитателни общежития или лагери бел. авт) са несполучливи. От вербуваните през 1953 г. 4 агенти само един дава известни резултати. Останалите категорично отказват.

След погрома, нанесен на католическата църква, Държавна сигурност продължава своята дейност по отношение на духовниците, дори след излизането им от затворите и ТВО. На разработка са водени почти всички свещеници, а някои от тях са арестувани и съдени отново.

Отношенията с Ватикана се затоплят през 80-те. През ноември 1985 г. се провежда среща между председателя на Комитета по религиозните въпроси и представители на Ватикана, на която са разисквани юридическият статут на католическата църква, обучението на децата и младежите и подготовката на свещеници. От българска страна е повдигнат въпросът за задържания Сергей Антонов. Той е арестуван и съден за съучастие в атентата срещу папа Йоан Павел II през 1981 г.

Антонов прекарва в ареста над четири години и в крайна сметка е оправдан от италианския съд поради липса на доказателства. Папа Йоан Павел II посещава България през 2002 г. В знак на добра воля Ватикана дава достъп на български учени до библиотеките и фондовете си.