Актрисата и поп певица Алая е била избрана за ролята на Зий, но загива при самолетна катастрофа на 25 Август 2001. На нейно място режисьорите - братя Уашовски, избират дъщерята на певеца Марвин Гей - Нона Гей, която също е в музикалния бизнес, макар и без особени успехи, като се изключи парчето I'm Overjoyed, достигнало 17-а позиция в класацията на Billboard през 1992 г.

Глория Фостър, която е в ролята на Оракула, умира от диабет преди края на снимките на "Матрицата: Презареждане". Тя не успява да заснеме нито една сцена от третия филм, въпреки че според сценария участието й е значително.

"Матрицата: Презареждане" и неговото продължение "Матрицата: Революции" са заснети за период от 4 години. Двете ленти освен това са работени едновременно на снимачни площадки в Калифорния, Австралия, Бахамите и Хавай.

Централната битка във филма между Нео (Киану Рийвс) и неговите противници продължава 17 минути и струва 40 милиона долара.

Специално за целите на "Матрицата: Презареждане" е построена магистрала с дължина 3.2 километра, където се развива великата сцена с преследването на Ключаря. Цената, която продуцентът Джоел Силвър плаща за това удоволствие, издигнато в изоставената военна база Алмейда, е 2.4 милиона долара.

Двата филма са произведени изключително бавно, защото гигантските специални ефекти са отнели 2 години време на няколко компютърни компании, наети за пресмятането на кадрите. Освен това две от фирмите подизпълнителки фалирали, докато извършвали ценната поръчка и така забавили допълнително продукцията.

Според източници от студиото Warner Bros. Киану Рийвс доброволно е предложил на продуцентите да се откаже от значителна част от договорените приходи от билети в негова полза и възлизащи на около 38 милиона долара. Това е станало по времето, когато цената на специалните ефекти надвишила два пъти заложените в проектобюджета стойности и Джоел Силвър се притеснявал, че филмът може и да не види бял свят.

Само специалните ефекти на "Матрицата: Презареждане" струват 100 милиона щатски долара.

Сценарият за филма по време на продукцията е носел кодовото име “Якият мъжага”. Името идва от една от битките във филма, чието секретно обозначение било “Якото меле”.

За нуждите на филма и за собствена реклама General Motors подаряват 300 автомобила. До края на снимачния период всички те са тотално унищожени.

Снимачния терен е станал причина и за няколко сериозни травми: Кери Ан Мос счупва крак по време на тренировка, Лорънс Фишбърн се отървава с фрактура на ръката, а Хюго Уивинг размества кости във врата си, докато го дърпат рязко с въже назад по време на една от каскадите.

Кулминационната сцена на филма е безспорно преследването по магистралата, която отнема на екипа 45 дни за заснемането. Обичайно един среден игрален филм се снима за не повече от 35 снимачни дни.