- Несъответствие между посочения код на икономическа дейност във ФК на етап кандидатстване и кода, указан в Удостоверението, изисквано едва на последния етап от оценката (Документална проверка), което води до отпадането на редица проекти;

- Грешно попълване на таблицата за определяне вида предприятие (съгласно декларацията за МСП) - т. 2 от раздел Iна Формуляра за кандидатстване (ФК), което води до определяне на грешен процент на безвъзмездната помощ и до отпадане на проекти;

- Определяне процента на износа на кандидата – често съществува несъответствие между данните посочени във ФК и тези от приложение А1;

- Във връзка с описанието на дейностите за изпълнение на проекта често се посочва само наименованието на съответната машина, без да бъде описано подробно за какво служи и какви са необходимите технически спецификации. Друг проблем е , че в голяма част от проектните предложения строително-ремонтните дейности не са описани и обосновани достатъчно ясно и подробно, което води до съмнения относно необходимостта им. Освен това значителен брой от кандидатите не описват методологията за изпълнение на СМР и консултантските услуги;

- Заложени нереалистично кратки срокове в Плана за действие за изпълнение на проекта;

- При попълване на таблицата с източници на финансиране (т.7 раздел IIIот ФК), често се правят грешки свързани с процента на финансиране/съфинансиране и размера на гранта;

- В голям брой проекти частта "Постигане на цели, свързани с изпълнението на хоризонталните политики на ЕС" (т.10, раздел IIIoтФК) е описана недостатъчно пълно и ясно (много често съществува разминаване показателя "Заетост" съгласно т.10 и данните от приложение А1);

- Попълването на таблицата "Индикатори за измерване изпълнението на проекта"(т.11, раздел IIIот ФК) като цяло е проблематично;

- Допускане на грешки в изчисленията в работен лист 1 от Бюджета;

- В т. 2 от бюджета – "Придобиване на ДНА" често се включват разходи за административен софтуер, а не за специализиран такъв;

- Грешно пренасяне на сумите от работен лист 1 в работен лист 2, което впоследствие води до определяне на грешен процент на безвъзмездната помощ и източниците на финансиране;

- Неописване на разходите за визуализация и одит в работен лист 3 от Бюджета или непренасяне на допълнителните разходи от работен лист 3 в работен лист 2;

- Закръгляне на процента на гранта;

- Проблеми при попълване на Приложение А1 – допускане на грешки при пренасяне на данните от ОПР и Баланс в Приложение А1;

- Неправилно попълване на Декларацията за МСП (най-често срещаните проблеми са тези за свързаността на предприятията), както и на Декларацията за държавни помощи;

- Непредставяне на Приложение В - "Декларация за дейността" от всички членове на управителните органи на кандидата, както и на оферти за всяка отделна инвестиция в ДМА/ДНА. Грешно е и представянето на оферти на чужд език без превод на български език;

- Противоречие между описаните в бюджета и ФК активи и тези съгласно представените оферти (понякога съществува и разминаване между ФК и бюджета);

- Проблеми, свързани с изчисляване валутния курс на долара при оферти представени в долари;

- Една от най-често срешаните причини за отхвърляне на проект е неспазването на сроковете за изпращане на необходимите/изискуемите документи.

- Несъответствие между посочения код на икономическа дейност във ФК на етап кандидатстване и кода, указан в Удостоверението, изисквано едва на последния етап от оценката (Документална проверка), което води до отпадането на редица проекти;

- Във връзка с описанието на дейностите за изпълнение на проекта често се посочва само наименованието на съответната машина, без да бъде описано подробно за какво служи и какви са необходимите технически спецификации;

- Попълването на таблицата ''Индикатори за измерване изпълнението на проекта'' (т.11, раздел IIIот ФК) като цяло е проблематично;

- Неточно изчислени бюджети. Кандидатите не се съобразяват със заложените горни прагове в процентно съотношение или в цели суми за специфични разходи, отразени в Насоките за кандидатстване;

- В т. 2 от бюджета – "Придобиване на ДНА" често се включват разходи за административен софтуер, а не за специализиран такъв;

- Закръгляне на процента на гранта;

- Неправилно попълване на Декларацията за МСП (най-често срещаните проблеми са тези за свързаността на предприятията);

- Непредставяне на Приложение В - "Декларация за дейността" от всички членове на управителните органи на кандидата;

- Проблеми, свързани със спазване на сроковете за изпращане на необходимите/изискуемите документи;

- Кандидатите често допускат и формални грешки като не представят необходимия документ в изискуемата форма. Такива са липса на подпис, несъотвествие на документа със заложения в Насоките за кандидатстване образец, както и представяне само на копие от докyмент, който е трябвало изрично да е заверен и подпечатан.