Резултатите от агентурната дейност на комунистическите тайни служби са осезаеми и след края на комунистическия режим. Вътрешното разделение сред висшия клир, провокирано от политиката на тоталитарния режим за разединяване и отслабване на Църквата, за компрометиране и манипулиране на отделни служители и за дискредитиране на църковната институция пред обществото придоби своя логичен завършек с появата на "политическия разкол" през 1992 година.

Този разкол създаде сериозна криза на доверието и легитимността на БПЦ като духовна институция и морален коректив в условията на политическата и икономическа трансформация на обществото и предотврати възможността за нормализация на църковния живот. Битката за овладяване на църковните имоти и стремежът към незаконно обогатяване на отделни църковни служители накърни сериозно престижа и доверието във висшия клир. Очерта се ясно и се задълбочи пропастта между клира и вярващия народ, което доведе до реализиране на основните цели на антицърковната политика на комунистическия режим.

Политиката на комунистическите власти спрямо Църквата е свързана с едно едностранчиво разбиране за природата на църквата като корпоративна институция и стремеж да бъде отслабена нейната сила и функция като духовно консолидирана общност от вярващи. В резултат от това позитивистично и материалистично схващане на комунистическите власти на Църквата се гледа като на потенциален конкурент в политическата борба и се цели нейното тотално елиминиране като духовен фактор в обществото. Единствената функция, която тоталитарният режим е склонен да предостави и преотстъпи на Църквата е функцията на пазител на историческото наследство и затова присъства силна тенденция християнската вяра и православната традиция да се разглеждат придимно като музеен експонат, но не и като живо духовно предание или основа за личната нравственост и обществения морал.

Овладяването на църковната институция или "подчиняването на църквата", както се изразява проф. Спас Райкин, в началото на комунистическия период се осъществява чрез методите, моделите и практиките за контрол върху църковната йерархия, които са изработени и въведени от болшевиките в съветска Русия. Този политически модел за контрол върху църковната институция води постепенно до обособяването на един ограничен кръг от високопоставени служители на висшия клир, посредством чието манипулиране и притискане ефективно се установява контрол и върху цялата институция на църквата.

Това се реализира след физическите репресии чрез подмяна на неудобни духовници и архиереи и избор на политически удобни и лоялни митрополити, а след това и чрез постепенното привличане и включване на определени "благонадеждни" представители на клира в международната дейност и политическите мероприятия на "народната власт".

Селекцията на висшия клир се осъществява по линията на разграничението между неблагонадеждни, контра-революционни, "буржоазни" и назадничави църковни служители и "прогресивни", напредничави и идеологически верни народно-демократични църковни "кадри". Този кадрови подбор е изработен и наложен успешно през първите десетилетия на комунистическото управление в България като постепенно почти изцяло висшият църковен клир е привлечен и активно инкорпориран в орбитата и структурите на комунистическите явни и тайни служби.

Прилагането на очертания подход за овладяване и контрол върху институцията на Църквата изисква и следването на политика за разединяване и противопоставяне между клира и миряните, което отслабва силите на църквата, накърнява нейното единство и разгражда нейните автентични канонични традиции и морална сила като духовна общност. Отчуждаването на вярващия народ от църквата и ограничаването на достъпа до богослужебния живот, забраните и загражденията, които възпрепятстват участието в църковните тайнства, в молитвения живот и религиозните обреди, и най-вече системните опити за обособяване на клира като едно затворено и изолирано професионално религиозно съсловие, води до накърняване на единството и съборността на църквата като духовна общност.

Този външен натиск и наложен от държавата модел за управление на църквата води до създаването на един особен и нетипичен за православието едностранчив клерикализъм, който е единствено политически изгоден и удобен за целите на държавно-репресивния контрол върху православното вероизповедание и неговата общност, но е разрушителен за църквата. За целите на религиозната политика на комунистическия режим е било изгодно да се създаде един привилегирован "номенклатурен" църковен елит, който да изпълнява повелите на партията-държава и да държи под контрол мнозинството от вярващите, за да не се създаде ефективна обществена основа за алтернативно политическо движение сред гражданите.

От края на 60-те години на ХХ век именно идеологическият контрол върху духовенството става основен инструмент на държавната политика срещу църквата, която се осъществява от агентурата на Шесто управление на ДС. Тоталното вербуване на агентурна мрежа сред висшия клир показва и страховете от независима църковна дейност и усилието на властите да се презастраховат чрез пълно влияние върху механизмите на църковния живот и системата за взимане на решения. Създаването на такова съсловие от привилегировани висши клирици, които са верни на властта, отчуждава още повече клира от вярващия народ и накърнява доверието и легитимността на църковното ръководство. Последиците от този двойнствен образ на клириците агенти и разрушаването на доверието и единството на вярващия народ и общността на църквата се вижда особено ясно в съвременните църковни конфликти.

През последните 23 години от началото на демократичните промени БПЦ до голяма степен остана заложник на унаследения от тоталитарното минало църковен властови модел, който е наложен от времето на комунизма. Този деформиран модел на властови отношения и управление се основава върху принципите на един неправославен клерикализъм, при който се прави опит практически църквата да се ограничава и отъждествява само със съсловието на клира като се пренебрегва пълнотата на "църковното изпълнение" - съборното цяло на вярващия Божий народ.

Разединението между вярващи и клирици, което е въведено като властови модел в управлението на Църквата от времето на комунизма, затварянето и капсулирането на клира като едно ограничено и привилегировано съсловие води като крайна последица до уродливите форми на един нехристиянски клерократизъм – до узурпиране на властта в църквата от един обособен клерикален елит. Проявите на тези деформации в днешно време, когато църквата трябва да възобнови своята духовна активност и да обнови своята духовна традиция на съборност и съборно управление, са пагубни и разрушителни за църковната общност. Тези унаследени деформации накърняват единството на вярващите християни и възпрепятстват възстановяването на жизнеспособността на Българската православна църква. До голяма степен тя продължава да бъде заложник на "психологията на гетото" според удачния израз на Йоан Майендорф - един от водещите православни богослови на ХХ век, което я поставя отново в позицията на пасивен наблюдател и маргинална институция в съвременното общество.

Превъзмогването на деформациите в църковния живот и освобождаването от външните зависимости на представителите на висшия клир, които са плод от наследството на комунизма, преминава през истинско и дълбоко покаяние и действително помирение между клира и вярващия народ. Това би било израз на същинското духовно обновление на църковния живот и освобождаване от наследството на тоталитарния режим. Такъв процес, разбира се е труден и болезнен, но той не е невъзможен. Едно от задължителните условия за раздялата с наследството на тоталитарния комунистически режим е съборното прославяне от страна на църквата на мъчениците и изповедниците на вярата, загинали в гоненията срещу християнството и църковната общност от безбожните комунистически власти и възстановяване на съборността и пълнотата на духовния живот в рамките на автентичната канонична и литургична традиция на православието.