Прокуратурата твърди, че получените от САПАРД 7.5 млн. евро са изпрани през регистрираната в САЩ офшорна фирма "Кингстън ентърпрайсис".

Дружеството е собственост на двама кипърски граждани, а с пълномощно сметките и дейността му са ръководили Марио Николов и Елза Радкова, с която Стойков живее на съпружески начала. След това парите са инвестирани в курорта Дюни, чиито собственик беше Стойков.

Случаят с източването на САПАРД беше разкрит през 2007 г. от Европейската служба за борба с измамите (ОЛАФ), която установи, че Николов и Стойков са участвали в международна схема от над 50 компании от ЕС и офшорни зони.

Разследването започна за стари машини за хранително-вкусовата промишленост, купени от Германия, които в България са представяни за нови, за да се получи европейска субсидия за тях. Забавянето му доведе до гневно писмо на покойния вече шеф на ОЛАФ Франц-Херман Брюнер, изпратено през юли

2008 г. до вицепремиера в правителство на тройната коалиция Меглена Плугчиева. В него Брюнер заявява, че в българското правителство и държавни служби има влиятелни сили, които нямат интерес да бъде наказано нито едно лице от групата "Николов-Стойков".

Приключването на делото преди това за източването на 7.5 млн. евро от САПАРД, за което Стойков не е обвинен, е в полза на подсъдимите. По тяхно искане процесът за пране на пари се гледа по съкратената процедура, а другото дело редовно се отлага, като заради последното си отсъствие един от адвокатите е предложен за наказание.

Разследването срещу Николов и Стойков продължи над две години и влезе в съда, само защото седмината подсъдими се възползваха от възможността след изтичането на този срок сами да поискат да бъдат изправени пред правосъдието.

Веднъж обвинителният акт беше върнат за поправка на прокуратурата и когато беше внесен повторно и се чакаше насрочване на делото, шефът на Софийския градски съд Георги Колев обяви, че съдията

След това съдружник в "Чубра" - една от фирмите, която според прокуратурата е участвала в източването на САПАРД разказа, че убитият Филип Найденов-Фатик го въвел в бизнеса и му дал да управлява фирмата.

Един друг свидетел обаче така и не даде показания по това дело - швейцарецът Винченц Хьогер, който е доставял стари машини, които Николов и останалите обвиняеми представили за нови и така източили САПАРД.

Прокуратурата дори започна разследва заради неявяването му, защото Хьогер разказал на обвинителите в родината си, че Николов му се обадил и му заявил, че не трябва да идва на делото в София и да дава показания.

Делото, което се следи от Европейската комисия, стана повод за размяна на реплики между МВР и съда. Апогеят им беше изказването на вътрешния министър Цветан Цветанов, че се търси начин делата на групата "Николов-Стойков" да се гледат в Германия, а не у нас. След като обясни, че не е възможно процесът да се гледа другаде, освен в София, българският  съд отказа да разпита двама германски и двама швейцарски свидетели по делото.

Така то беше обявено за изяснено и на 15 март трябваше да започнат пледоариите и до три дни да има присъда. Тогава процесът роди нов прецедент след като се оказа, че един от съдебните заседатели е кадровик в столичната полиция и не може да дойде на делото, защото е в Академията на МВР на курс за "актуализация на професионалната квалификация". Това доведе до 10-дневно отлагане и скандал, който беше използван от адвокати по други дела. Така защитници на подсъдими заедно с Красимир и Николай Маринови - Маргините поискаха той да се отложи докато не се провери дали съдебните заседатели не са професионално обвързани с МВР.