В бъдещата защитена зона "Ниска Рила", която ще обхване пояса около националния парк, вече е допуснато строителство на множество хидроцентрали. Това обезсмисля опазването на видовете в "Натура", разкри проверка на екокоалицията "За да остане природа в България".

Върху 15-километров участък от река Благоевградска Бистрица, която попада в зоната, екоинспекцията в Благоевград е одобрила 16 малки ВЕЦ без никакви оценки за съвместимост с "Натура". През лятото на 2009 г., научила за три от проектите, организацията "Зелени Балкани" ги обжалва.

Предишният екоминистър Джевдет Чакъров спря трите ВЕЦ заради тежките нарушения. За останалите 13 проекта неправителствените организации разбрали едва след като новото ръководство на екоминистерството направи дълго отлагания публичен регистър на процедурите за екооценки. За това, че "Ниска Рила" ще бъде зона от "Натура", се знае много по-отдавна.  

Осем от малките ВЕЦ са на фирма "Благоевградска Бистрица" ООД с мажоритарен собственик "Литекс инвестмънт лимитед", свързана с Гриша Ганчев. Агенцията по горите вече е изключила земята за тях от горския фонд.

Екоминистърът Нона Караджова коментира, че вече издадените документи - разрешителните за водовземане от басейновата дирекция в Благоевград и положителните решения на местната екоинспекция, не могат да бъдат отменени, защото са получени по законен начин. Шефът на дирекция "Национална служба за защита на природата" в министерството Михаил Михайлов пък призна, че огромна част от малките ВЕЦ, пуснати от инспекциите и басейновите дирекции в страната - около 840, попадат в защитени зони, но не са им правени необходимите екооценки.