За около две години в министерството на транспорта Александър Цветков успя да "забърка" няколко скандала, свързани с промени в един от основните закони в ресора му - този за автомобилните превози. Опитите на ръководеното от него министерство да измени документа предизвикаха обвинения в лобизъм и бяха спрени след намесата на премиера Бойко Борисов и депутати от ГЕРБ. Цветков лансира и няколко грандиозни проекта като скоростна железница между София и ... Пекин.

Първият скандал около министъра на транспорта беше предизвикан от "мистериозно" отпадане на категоризацията на автобусите за ученически екскурзии, въведена след катастрофата в р. Лим, при която загинаха 12 деца. По предложение на министерството на транспорта тя трябваше да бъде отменена, но след разразилия се скандал и намесата на премиера текстът отпадна. Тогава Борисов нарече премахването на категоризацията "типичен пример как ниските нива долу се поддават на лобистки интерес" и обвини за гафа незнаен чиновник в министерството на транспорта. Цветков обаче влезе в задочен спор с министър-председателя, като контрира, че лобизъм е запазването на звездите за автобусите. В крайна сметка категоризацията остана.

След няколко месеца отново поправки в Закона за автомобилните превози доведоха до нови съмнения за лобизъм от страна на Цветков. Те предвиждаха въвеждането на нова транспортна схема, която можеше да доведе до ограничаване на транспорта до малки населени места, а конкурсите за определяне на превозвачи по нея трябваше да се правят от министъра на транспорта. Това предизвика недоволството на малките фирми, които обвиниха Цветков в лобизъм в полза на големите компании. Текстът не се хареса и на общините, които дотогава организираха конкурсите. След намесата на депутатите от ГЕРБ текстовете бяха променени между първо и второ четене в парламента схемата така и не беше въведена, а конкурсите останаха задължение на общините.

Цветков търпеше критики и заради забавянето на жп проектите по оперативната програма "Транспорт". Доскоро за тях нямаше подписани почти никакви договори, а страната дори вече се отказа от един от проектите. Неофициално се говореше, че заради пасивността си Цветков не се харесва и на чиновниците в Брюксел.

Под ръководството на Цветков две години министерството не успя да подготви и концесията на ключови инфраструктурни обекти, въпреки че това беше сред приоритетите на политическия кабинет. Едва преди месеци бяха обявени процедури за намиране на частни инвеститори за част от пристанището в Бургас и за аерогарите в Пловдив, Русе и Горна Оряховица. Все още не са задвижени конкурсите за основните жп гари като София, Пловдив и Варна, въпреки че за тях се говори от първите дни на Цветков в министерството.

Цветков се "прояви" и при преговорите за намаляване на цените на горивата. Той изпрати от свое име сигнал до Комисията за защита на конкуренцията за картел при търговците и производителите на горива, написан от асоциациите на големите транспортни фирми. Освен това очакваше за около две седмици антомонополният орган да излезе с резултат от разследването на пазара на горива, въпреки че според комисията това отнема поне година.

След няколко посещения в Китай министърът започна да говори и за построяването на скоростен железен път от Пекин до София. Обяви също, че китайски компании искат да правят локомотиви и вагони в България и искат на концесия български пристанища. Досега нито едно от тези намерения не е факт.

Самият Цветков определя като успехи на управлението си въвеждането на пределни цени за такситата, на по-големи санкции срещу незаконните превозвачи, намаляването на загубите на "Български държавни железници" и Националната компания "Железопътна инфраструктура", както и започналата реформа в тях, която е условие за отпускането на държавен заем от Световната банка  за стабилизиране на сектора.