Проф. Николай Денков се завръща в Министерството на образованието и науката вече като министър, част от служебния кабинет на Огнян Герджиков. Той беше заместник-министър там от 2014 г. при последните трима ръководители на МОН - Румяна Коларова, Тодор Танев и Меглена Кунева, но напусна скоро след като Кунева пое поста, заради "съществените различия с приоритетите и стила на работа на министъра и част от екипа й".

Като зам.-министър на образованието проф. Денков отговаряше за висшето образование и европейските структурни фондове, включително за изпълнението на оперативна програма "Наука и образование за интелигентен растеж" (ОПНОИР). Преди това (от 2012 г.) беше в работната група по подготовката й.

Макар работата му да вървеше добре, новият министър на образованието и науката Меглена Кунева изненадващо преразпредели ресорите на заместниците си и прехвърли оперативната програма на новоназначения Красимир Киряков. Още отпреди това проф. Денков беше изолиран от взимането на решения по отношение на европейските фондове, а новият екип в министерството започна спорни действия по програмата, което не остави избор на Денков, освен да напусне.

Той е професор по физикохимия в Софийския университет. Доктор на науките. Специализирал е в Япония и Швеция, работил е като водещ учен в изследователски институти на фирмите Unilever (САЩ) и Rhone-Poluenc (Франция).

Автор е на над 130 научни публикации с голям международен отзвук в научната литература. Ръководил е над 30 международни научни и научно-приложни проекти. Носител е на голямата награда "Питагор" на Министерството на образованието и науката (МОН) за високи научни постижения (2010 г.), на почетния знак със синя лента на СУ "Св. Кл. Охридски" (2013 г.) и на голямата награда на СУ "Св. Кл. Охридски (2016 г.) за високи научни постижения.

През 1993 г. защитава докторска дисертация, от 1997 г. е доцент, а от 2008 г. е професор по физикохимия в СУ "Св. Кл. Охридски". Доктор на химическите науки (2007 г.) и ръководител на катедра Инженерна химия (2008-2015).

През 1980 г. завършва Националната природо-математическа гимназия в София. През 1987 г. се дипломира като магистър в Химическия факултет на СУ "Св. Кл. Охридски".

Владее английски и руски езици. Семеен, има две деца.