Въпросът за отношенията между Държавна сигурност и другите държавни институции е пряко продължение на темата за отношенията между ДС и компартията. Част от същата тема са и отношенията между политическото и военното разузнаване, както и между военното контраразузнаване и армията.

От гледна точка на ДС другите държавни ведомства представляват почти единствено "учреждения за прикритие", т.е. структури, задължени от партийните решения да предоставят своите щатове за назначаване на офицери от ДС за изпълнение на специфични задачи.

Най-широката мрежа от офицери под прикритие използва разузнаването - както политическото, така и военното. Тези служби имат право да внедряват свои офицери на най-ниското стъпало на съответното ведомство, които след това имат кариерно развитие подобно на всички останали служители в тази институция. Може да се предположи, че при контраразузнаването това е било по-скоро изключение - за него е било по-изгодно, а и по-евтино да разчита в тези учреждения повече на секретни сътрудници, отколкото на офицери под прикритие.

От тази гледна точка може да се каже, че разузнавателните управления са едни от най-важните институции в държавата, тъй като техните интереси винаги са поставяни над интересите на другите държавни институции. Уверено може да се твърди, че външнополитическите ведомства на комунистическа България, които са най-честите "учреждения за прикритие", до голяма степен представляват продължение на функциите на разузнаването.

Още първият документ (от 1 август 1950 г.), който регламентира отношенията между разузнавачите и техния пряк ръководител - посланика или търговския представител, дава предимство на разузнавача. Посланикът е длъжен да му създаде условия да си върши работата, а резидентът не е длъжен да изпълнява заповедите на посланика.

Това положение несъмнено е било източник на редица конфликти, тъй като политическият (т.е. партийният) статут на посланика във всички случаи е по-висок от този на резидента, а от друга страна, той е лишен от правото да изпълнява ефективен контрол върху него.

Редица партийни документи задължават МВнР, Министерството на външната търговия, БТА, БГА "Балкан", телевизията, радиото и отделните вестници да оказват необходимото съдействие на разузнаването. Това обикновено се изразява в предоставянето на специален щат от учреждението за хора на разузнаването.

Друга форма е изискването ведомствата да дават на разузнавачите възможности за специализации в чужбина или за работа в международни организации. Практиката в това отношение надхвърля дори най-смелите очаквания на незапознатите. В чужбина се откриват специални "стажантски длъжности, на които се изпращат за срок от 1-2 години млади кадри, за да се повишава тяхната езикова квалификация, да се опознава по-добре животът в капиталистическите страни".

Тези основополагащи принципи са валидни до края на комунистическия режим, като списъкът на ведомствата за прикритие става още по-голям през 1988 г., когато се предвижда увеличаване с почти една трета на щатовете под прикритие в тези ведомства.

Подробната регламентация обаче изненадващо отсъства в достъпните документи за отношенията между контраразузнаването и държавните учреждения. Обяснението е сравнително лесно - контраразведките работят основно чрез секретни сътрудници и не съществуват ограничения за тяхното работно място. Това всъщност осигурява на контраразузнаването безгранични възможности да контролира всички държавни ведомства и икономически структури.

Указ от 1974 г. не само задължава гражданите доброволно да съобщават всяка подозрителна информация на ДС, но и дава право на офицерите от системата да се намесват в тяхното лично пространство, включително като проникват в жилищата със или без съгласието на техните обитатели. Същото важи и за влизане в която е да било държавна институция или предприятие. Единственото изключение са партийните сгради, които са забранени за провеждане на вербовъчни срещи и за явочни квартири.

Тези правила очертават политическата полиция като държава в държавата.

Приблизително същите права има и военното контраразузнаване спрямо военните поделения. Тук обаче доста подробно е регламентирано какво се прави, за да се избегнат конфликтите между двете силови ведомства, каквото са ДС и армията. Причината ВКР да е в структурата на ДС, а не в Министерството на отбраната, е стремежът за постоянен политически контрол върху силовите структури и избягване събирането на твърде много власт в ръцете на един министър. Стига се до куриозни ситуации участието, транспортирането и издръжката на хората на ВКР по време на военни учения да се изплащат след това от МВР.

Формулировките недвусмислено показват, че в прерогативите на ВКР е и дейността като политическа полиция в армията, която поддържа непрекъсната връзка с МВР, с Генералния щаб, с политическите ръководства в поделенията и с местните партийни структури. В резултат на тази изкривена система за взаимен контрол вероятно всички равнища в армията са били оплетени в обща мрежа от подозрения и конспирации, в която всеки е усещал достатъчна заплаха за собствената си кариера, за да допусне каквото и да било самостоятелно действие или неразумна постъпка.