До 1 януари 2007 България имаше наблюдатели в ЕП, които нямаха правомощия като на останалите депутати, а следяха работата на Парламента. След присъединяването ни към ЕС Народното събрание изпрати на тяхно място временни депутати. Тяхната роля е  да "пазят местата" на законно избраните евродепутати (на 20 май 2007 г.), които ще встъпят в длъжност в началото на юни.

Временните българските евродепутати също са членове на парламентарни комисии. Те са разпределени в комисиите:

- по вътрешен пазар и защита на потребителите,

- по граждански свободи, правосъдие и вътрешни работи,

- по регионално развитие, по конституционни въпроси,

- по външни работи, 

- по земеделие и развитие на селските райони, 

- по международна търговия, по бюджетен контрол, 

- по промишленост, изследвания и енергетика

- по околна среда, обществено здраве и безопасност на храните.

България има трима зам.-председатели на парламентарни комисии. Евгени Кирилов и Филиз Хюсменова бяха избрани за зам.- председатели на комисията по регионално развитие, а Константин Димитров – на комисията по конституционните въпроси.

Българските евронаблюдатели се прочуха с няколко скандала и редица резолюции, свързани с българските медицински сестри в Либия и палестинския лекар, акцизът за домашната ракия и АЕЦ Козлодуй.

На 28 септември младият депутат Димитър Стоянов предизвика сексистко-расистки скандал в Страсбург, след като разпрати на колегите си имейл с обиди по адрес на евродепутата от ромски произход Ливия Ярока.

На запитване дали ще подкрепи номинацията й за годишната награда на списанието на парламента за правосъдие и човешки права той успя да я засегне по всички възможни признаци - пол, раса, възраст и телосложение.

Реакцията на колегите му от Европейския и българския парламент (с изключение на парламентарната група на Атака) беше дълбоко възмущение и разграничаване от възгледите му. В крайна сметка обаче, Димитър Стоянов остана депутат в ЕП и след 1 януари.

От 1 януари 2007 влезе в сила акциз върху домашната ракия. Той е 2.20 лв. за литър, ако произведеното количество е до 30 л., а ако го превишава, е 4.40 лв. Това предизвика силна реакция в страната и доведе до редица протести. "Производителите" на домашна ракия поискаха намаляване на акциза и дори неговото премахване.

В Икономическата и валутна комисия към ЕП беше одобрен докладът на евродепута Астрид Люлинг, включващ и поправката на Мартин Димитров (ЕНП), която гласи, че сегашните нива на акцизите върху производството на домашен алкохол създават предпоставка за корупция и "сива" икономика в България.

Кристиян Вигенин (ПЕС) внесе поправка в доклада, която предлага за България да се прилага нулева акцизна ставка за алкохол, произведен за лична консумация. Според автора на доклада Астрид Люлинг обаче текстът няма да мине, защото решението трябва да е общо за всички държави.

Гласуването на доклада в пленарна зала беше отложено за след изборите за евродепутати в България по предложение на Партията на Европейските социалисти.

На 18 януари 2007 г. в подкрепа на българските сестри, вече като граждани на ЕС, Европейският парламент прие резолюция, която призоваваше либийската страна да освободи българските сестри. В нея изрично е записано, че при липса на положителен изход от делото Европейската комисия и Европейският съвет трябва да обмислят и преразгледат общата политика, водена с Либия.

Документът беше иницииран от временните евродепутати и макар да няма обвързваща сила дава знак на Комисията и Съвета каква е позицията на европейските граждани по въпроса.

В България беше подета и друга инициатива – опита на "Ред, законност и справедливост" да номинира осъдените медицински сестри и д-р Здравко Георгиев за евродепутати. За целта трябваше да се промени законът за избор на евродепутати, но парламентарно представените партии приеха идеята като форма на популизъм и отказаха да я подкрепят. В крайна сметка и ЦИК отказа да ги регистрира като кандидати.

Докладчикът на Европейския парламент за България Джефри ван Орден предложи по-гъвкав подход за затварянето на Козлодуй и поиска отлагане с 8 месеца. Предложението беше прието от Външната комисия на ЕП, но беше отхвърлено в пленарна зала само с 5 гласа. Така България трябваше да затвори ядрените реактори на АЕЦ Козлодуй до края на 2006г.

Ван Орден продължава да критикува ЕП за това, че не подкрепи предложението му и нарече този ход "грешка".

Групата на Зелените в Европейския парламент поиска поправка в последния доклад за напредъка на България към ЕС, според която трябва да се осигури защита на правата на "македонското малцинство" в България и да се премахнат пречките за регистриране на ОМО "Илинден" средата на ноември 2006.

Българските евронаблюдатели не останаха доволни от идеята на Зелените, сред които са Елс де Хрун и Йоост Лагендийк, известни с честите си критики към готовността на България за членство в ЕС. Мария Капон, Мартин Димитров, Димитър Абаджиев и Стефан Софиянски излязоха с отворено писмо до председателя на ЕП Жозеп Борел, в което разкритикуваха поправката.

В крайна сметка Външната комисия на ЕП не прие предложението и то не достигна до пленарно гласуване в Европарламента.

С присъединяването на България и Румъния беше учредена нова крайнодясна група "Идентичност, традиция и суверенитет" (ИТС).

Учредяването на ИТС стана възможно след включването на представителите на крайнодесните партии от тези две страни – българската "Атака" и румънската "Велика Румъния". До 1 януари идеята за такава формация не можеше да бъде реализирана, тъй като не можеше да покрие изискването за отделна група - да бъдат представени една четвърт от страни - членки на съюза, и да са взели най-малко 3% от гласовете на последните парламентарни избори в страните си.

Крайнодясното обединение в Европейския парламент лансира политическата платформа, насочена срещу имиграцията и в защита на християнските ценности.

Групата не се ползва с особено уважение сред колегите си в ЕП, които посрещнаха официалното учредяване с подигравки и освирквания в Страсбург. Освен това много наблюдатели смятат, че ИТС е нестабилна. Това впечатление се засили благодарение на поредното противоречиво изказване на Димитър Стоянов. Представителят на "Атака" заяви пред британския "Индипендънт", че евреите контролират медиите и печелят от икономическата криза в страни като България.  Той отказа да поясни изявленията си, с което провокира критики от колегите си.

"Това поведение показва липсата на опит и политически такт на младежа. На два пъти му дадох възможност да се защити, той отхвърли този шанс", заяви евродепутатът Ашли Моут от ИТС.

Останалите членове на ЕП се обединиха и не допуснаха представители на крайно дясната група в парламента да получи ключови позиции в парламентарните комисии.

По инициатива на лидера на британската Консервативна партия Дейвид Камерън и чешкия премиер Мирек Тополанек, лидер на Гражданската демократическа партия беше основано Движението за европейски реформи (ДЕР) през юли 2006 г.

След обявяването на това решение  Съюзът на демократичните сили /СДС/ се присъедини към Движението. Петър Стоянов обоснова това решение с думите "чрез "Движението за европейски реформи", към което се присъединихме и което е дискусионен клуб, а не фракция, могат да се защитават българските национални интереси."

ДЕР може да стане основата на нова политическа група в Европейския парламент, под аналогичното наименование.

Това предизвика гнева на ръководството на Европейската народна партия (ЕНП), което препоръча на Политическото бюро суспендиране на членството на СДС в партията в началото на март.

Основният мотив е, че е несъвместимо членството едновремнно в две конкурентни политически организации.  "За член на ЕНП не е съвместимо да се присъединява към подобна инициатива и да продължава да е член на нашата партия. Очакваме от СДС да е лоялен и да спазва задълженията си като член," е заявил председателят на ЕНП Уилфрид Мартенс.

Отношенията между двете партии се обтегнаха до такава степен, че ръководството на ЕНП оттегли поканата си до лидера на СДС за участие в честването в Берлин на 50-ата годишнина от подписването на Римския договор. Така единствен представител на десницата на форума остана председателят на ДСБ Иван Костов.

През април СДС излезе с декларация за лоялност към ЕНП, в която Петър Стоянов заявява, че партията му е част от ЕНП и няма намерение да я напуска, за да се включва в други формации в Европарламента. Бюрото на европейската десница е поискало гаранции за това и е поставило на Стоянов срок до есента да оттегли подкрепата си за Движението за европейска реформа на британските и чешките консерватори.

Междувременно, Фондацията на германския Хрияндемократически съюз "Конрад Аденауер" спря финансирането на СДС докато не се разреши проблема с ЕНП.