Базиликата "Света София" винаги се е откроявала сред другите църкви с по-различната си архитектура и атмосферата, която я различава от традиционните храмове. В същото време като обект на интерес за туристите винаги е оставала в сянката на масово посещавания в съседство храм-паметник "Свети Александър Невски".

През последната година тази тенденция има шанса да започне да се обръща в голяма степен благодарение и на жителите на града.

От малко повече от година в подземията на базиликата при голям интерес отвори врати музей, който повдига завесата над живота в стария град през други епохи.

От разкритията под земята се виждат трансформациите на храма през вековете - няколко етапа на строителство до завършването му през шести век, през средновековието той е бил градска съборна църква, превърната в джамия по време на турското робство.

Две земетресения (през 1818 г. и 1858 г.) нанасят щети на базиликата. Реставрирана е няколко пъти, а наскоро пред входа й отвори врати за посещение археологическият комплекс на Хонорий – най-важната от 50-те гробници, открити около базиликата.

Находката е ценна с редица неща - това е единствената до момента гробница от Късната античност в България, където фигурира името на починалия с надпис едновременно на латински и гръцки. Вероятното му значение "Хонорий, раб Христов (Божи), слава на Отца и Сина и Светия дух" сочи, че погребаният е бил почитана личност в християнското общество на древна Сердика. Каква, не се знае с точност, но едно от предположенията е, че това е същият Хонорий, хроникиран като участник в Сердикийския събор през IV век.

В подземията на "Света София" наред с другите предмети може да се види изложен т. нар. лакримарий - древен съд, в който скърбящите за починал човек са събирали сълзите си по време на оплакването му. Този съд се поставял в гроба при погребението. Колкото по-пълен е бил, толкова повече уважение е събрал отишлия си от този свят.

Сред експонатите е мощехранителница на християнски мъченик, показани са и три пръстена от времето на Второто българско царство.

Тук могат да се видят и снимките на изящни мозайки с различни мотиви - флорални, геометрични, кръстове и др. Оригиналите се реставрират.

Изложбата е допълнена от мултимедийни презентации, свързани с базиликата, както и холограми, пресъздаващи находки, разкрити при проучването на това място през годините.

През последните 15 години общината е вложила около 2 млн. лева. за строителни, ремонтни и реставрационни дейности за покрива, южния и централния кораб на храма, за подмяна на съществуващата подова настилка с нова стоманобетонна плоча и за укрепване на археологическите останки в сутеренното ниво

Първите разкопки пък са дело на чеха Вацлав Добруски. През 1911 г. археологът Богдан Филов установява, че мястото е център на исторически събития още от времето на Римската империя.

Макар и модерен в този музей е хубаво човек да разглежда, съпровождан от гид, който да му разкаже повече за мястото, находките и историята им. В противен случай може и да не остане чак толкова впечатлен. Както  е и на доста други места, впрочем, които оживяват в друга светлина, съпроводени от разказ.