Базиликата "Свети Йоан" се намира на мястото, където се счита, че е бил погребан свети Йоан Богослов.
Йоан Богослов, е един от 12-те апостоли на Иисус Христос, – един от най-приближените му ученици. Под негово име съществуват множество творби, като именуването им идва за да бъде доказана една или друга теза по време на ранните християнски спорове, т.е. неговото име е привеждано за авторитет. Според ортодоксалното тълкуване Йоан е и любимият ученик, който обляга главата си на гърдите на Христос по време на Тайната вечеря. Именно Йоан е ученикът, на когото Исус поверява грижите за своята майка. Около 37-42г. св. Йоан напуснал Йерусалим и се установил в Ефес. Извън записаното в книгите на Новия завет преданието на християнската църква сочи, че Йоан е доживял до дълбока старост, като се е грижел за Богородица до самото ѝ Успение. Когато починал, той бил погребан в раннохристиянския храм, който се намирал на мястото на базиликата. В мрамора на олтара над гроба е бил издълбан надпис с текста на 14-я стих от 131 Псалм: "Това е моето място за почивка, тук ще живея завинаги."
При отварянето на гроба в него е бил открит само прах. Според преданието св. Йоан не е бил мъртъв, а само спял в своя гроб и при всяко дихание се вдигал прах, наречен манна, който бил лечебен.
