Михайлов ръководи БФС 14 години, като за това време националният отбор така и не се класира за голямо първенство.
Денят на голямата победа - Михайлов се поздравява с Христо Стоичков след спечелването на изборите. Впоследствие двамата развалиха отношенията си. Срамната загуба с 0:6 от Англия в мач, останал в сянката на расистки скандал, и настояване на премиера Бойко Борисов белязаха оставката на Борислав Михайлов начело на поста президент на Българския футболен съюз. На срещата при Бойко Борисов това лято със собствениците на големите клубове, с главния прокурор Сотир Цацаров и заместника му Иван Гешев Михайлов застана начело на БФС през октомври 2005 г., когато смени на поста Иван Славков. Сбъдването на една мечта. Най-големият проект по време на управлението на Михайлов беше построяването на новата футболна база в Бояна през ноември 2016 г. Изграждането й струваше 10 милиона евро, като УЕФА финансира 9.5 милиона. Михайлов е с министър-председателя Бойко Борисов и президента на УЕФА Александър Чеферин, който посети страната в края на 2017 г. През есента на 2004 г. някои бивши съотборници от САЩ '94 се обединиха, за да се борят за свалянето на Иван Славков като президент на БФС. Йордан Лечков и Емил Костадинов все още са членове на изпълкома. Михайлов получава плакет по време на 100-годишния юбилей на "Левски" през 2014 г. Михайлов награждава сина си Николай, който беше избран за най-добър футболист на България през 2011 г. Михайлов и министърът на спорта Красен Кралев работеха по идеята за приемане на голямо първенство съвместно с Гърция, Румъния и Сърбия. Изтърпелият наказанието си за корупция бивш шеф на УЕФА Мишел Платини и Михайлов показваха близост. Българинът беше част от изпълкома на организацията от 2011 г. до началото на 2019 г. Михайлов и министърът на спорта Красен Кралев са рамо до рамо по време на церемонията за Футболист на годината в началото на 2018 г. Тогава Кралев изрази индиректно подкрепата си към Михайлов, който се бореше за четвърти мандат.
Според информации в желанията на Кралев е да оглави БФС.България така и не се класира на голям футболен форум по време на 14-годишното управление на Михайлов. С похвали и любезности към Михайлов започна конгресът на БФС за избирането на нов президент в началото на 2018 г. Бившият шеф на Германския футболен съюз, който подаде оставка заради медиен натиск - Райнхард Гриндел, подари фланелка и отличи добрата работа на Михайлов. Президентът на БФС заедно със собственика на "Лудогорец" Кирил Домусчиев. Той наскоро заяви, че Михайлов винаги се е борил за развитието на футбола. При представяне на спонсор през 2014 г. Михайлов минава покрай изпочупените прозорци на старата сграда на БФС. Президентът на БФС си говори с Лечков на мача с Холандия. По време на среща с представители на запалянковците през 2013 г. Топъл поздрав с Кралев.