Роден с името Малкълм Джон Ребеннак в семейството на любители музиканти, изпълнителят от Ню Орлиънс е починал в ранните часове на деня вследствие на сърдечен удар, съобщи семейството му в неговия официален профил в "Туитър".

Увлечен в музиката от ранна възраст, той бил страстен радиослушател, а баща му, който продавал плочи в магазин, понякога го взимал със себе си в нощните клубове, където работел по озвучителните системи. В училищните си години започнал все по-често да се навърта около клубовете и когато стигнал тийнейджърска възраст, вече свирел в някои барове и стриптийз клубове. През цялото време попивал всякакви стилове - смесица от ритъм и блус, каубойски песни, госпъл, джаз, както и музиката от "Марди Гра" в родния Ню Орлиънс, буги и фънк, или "фонк", както той го произнасял.

В началото той е основно китарист, но инцидент с пистолет през 1961 г. го кара да смени посоката. Един от пръстите му е почти изгубен, след като се намесва да помогне на певицата в групата му, която бива заплашена с пистолет от мъж. Пръстът така и не се възстановява напълно, за да може той да се върне към китарата, но е достатъчно здрав, за да може да свири на пиано.

Превръща се и в успешен звукозаписен продуцент, сешън музикант и композитор в Ню Орлиънс, преди обаче близките контакти с наркозависими, престъпници, крадци, а той самият като сводник да го превърнат в мишена на властите.

Джон започва да пуши марихуана още на 12 години, а после става и хероинов наркоман. Изключен е от гимназията и влиза в затвора заради наркотици през 1965 г., за което разказва в автобиографията си Under a Hoodoo Moon.

Когато излежава присъдата си в Тексас, местният прокурор в Ню Орлиънс се опитва да изчисти града от хората, които създават проблеми там, заради което музикантът е посъветван да не се връща. Това го отвежда в Лос Анджелис, където създава и своя сценичен образ Доктор Джон - фигура, подобна на шаман, обвита в пера, кожи и мъниста, която се появява на сцената сред дим и с ярки шапки в стила на "Марди гра".

След като дълго време работи като студиен музикант за множество изпълнители като Съни и Шер и Monkees, Доктор Джон записва и първия си албум, озаглавен Gris-Gris, който излиза през 1968 г. с помощта на няколко сродници от Ню Орлиънс. Записът, кръстен на амулет, използван във вуду културата, е вдъхновен от музиката на неговия роден град и не постига голям търговски успех, но привлича вниманието на феновете на рока.

През 1972 г. издава следващия си албум - Dr. John's Gumbo, с по-традиционни песни от Ню Орлиънс, а в края на 70-те се мести да живее в Ню Йорк. През 1989 г. най-накрая преборва хероиновата си зависимост и през 2009 г. се завръща в Ню Орлиънс.

Има записани общо 35 албума, с три от които печели "Грами". Получава статуетката още три пъти за дует и за участието си в записите на други две песни.

През 2011 г. е въведен в Рокендрол залата на славата, а пред "Ню Йорк таймс" преди време споделя, че се е женил два пъти и има "много" деца.