По данни на "Зелени Балкани" около 1000 от защитените птици умират всяка зима от избиване от конкуренти в риболова.
Сдружение "Зелени Балкани" избира декември за "месец на малкия корморан" заради началото на сезона на презимуване на този защитен вид.
Малкият корморан е един от целевите видове по проекта "Натура 2000 - нови хоризонти". Избран е, защото е защитен от природозащитната мрежа "Натура 2000", но страда от незаслужен черен имидж и преследване от риболовци и рибовъдци. Затова за опазването на вида е важно хората да узнаят повече за него.
Въпреки че ловуването на този защитен вид е забранено от българското законодателство, кормораните са преследвани от бракониери и собственици на рибовъдни стопанства, защото се хранят предимно с риба и са техни конкуренти. Обвинявани са, че причиняват огромни загуби по рибите заедно със своя по-голям роднина - големия корморан. Това води както до отстрел, така и до прогонване от вечерните убежища. Лишени от почивка и храна, огромен брой птици загиват. 
По данни на "Зелени Балкани" от пряко избиване в рибовъдните стопанства всяка зима умират не по-малко от 900 до 1000 птици, което е от 15% до 20% от зимуващите малки корморани в района на реките Марица и Тунджа. 
За "Дневник" доц. Петър Шурулинков от Националния природонаучен музей към БАН обясни, че Малкият корморан е с численост около 200-800 двойки и е един от трите вида корморани, които гнездят в България. Освен него в страната се размножават и Качулатият (Среден) корморан и Големият корморан, които също се хранят изключително с риба и са гледани враждебно от риболовците. Сред тях с най-малка популация е Качулатият – той има само 150-200 двойки в страната и гнезди на едва две места по морски скали. Големият корморан гнезди в цялата страна и има популация 10 пъти по-голяма от Малкия. Големият корморан нараства по численост и в България, и в Европа като цяло. 
Най-застрашен от трите вида е именно Малкият, заради малобройността си (за разлика от Големия корморан) и разпространението си и във вътрешността на страната (за разлика от Качулатия). Всъщност, обаче, Малкият корморан представлява по-малък проблем за големия риболов от другите два вида, защото той се храни само с дребна риба и водни животни. 
Освен от безпокойство и пряк отстрел, малкият корморан страда и от непреки заплахи. Разрушението и деградацията на местообитанията по Дунав и Марица са другият важен фактор за намаляване на популациите. Негови домове са заливните островни гори в поречието на Дунав и Марица и големи тръстикови масиви в крайдунавски и крайморските езера. 
Тези местообитания са силно засегнати от човешки действия като отводняване за селскостопански цели, от замърсяване на водите, както и от засилено присъствие във водата на мрежи за риболов.
Като голям потребител на риба и разрушител на риболовните мрежи, малкият корморан често страда както от случайна смърт в плен на импровизирани риболовни мрежи, така и от умишлено унищожаване на гнезда от рибари.
По последни оценки, европейската популация е от 37 600 – 50 400 двойки, което е равно на 75 100 - 101 000 полово зрели индивиди (BirdLife International 2015). 
В България видът има статут на застрашен и е включен в защитените от европейската мрежа "Натура 2000" видове. 
До 80-те години България е била в периферието на територията за зимуването на Малкия корморан и бройката на зимуващите птици била под 500 индивида. През периода 1982 – 84г. е започнала смяна на обитанията и навлизането на вида към Балканския полуостров с център долината на р. Марица, където е имало между 5000 и близо 7000 презимуващи птици. През 1997г. е започнало формирането на ново зимовище в Бургаските езера, където са наблюдавани 6850 индивида през 2000 г. В периода 1995 – 2000г. средната бройка зимуващи птици в България е между 7000 и 13 000 индивида. 
В миналото Малкият корморан се е размножавал главно по Дунав и Черноморското крайбрежие. Установено е мътене на Мандренското и Бургаското езеро. Според Червената книга на България сега се размножава на Дунавските острови Малък близнак, Цибър, Калновац (Румъния), Мишка и Безимен. Там са установени 6 колонии с 73 двойки. Най-стабилното находище на Малкия корморан е резерватът "Сребърна", където живеят около 147 двойки. 
От Българското дружество за защита на птиците, което опазва Малкия корморан край бургаските езера, разказват, че с изцяло тъмното си оперение – чернокафяво - той лесно се отличава в естествените си местообитания. През размножителния период в оперението му се появяват малки бели петънца. 
По последни данни на Българското дружество за защита на птиците през студените месеци на годината броят на вида значително се увеличава, защото през зимата страната приютява птици от разположените на север от нас страни. Малките корморани обитават поречията на реките Дунав, Марица и езерата около Бургас.Общата численост на вида през снежните месеци на годината достига около 16 000 птици. 
Освен по Дунава и Черноморието, Малкият корморан се размножава и по река Марица, макар и много рядко. Тук обаче е едно от известните му зимовища, което дори се намира в рамките на Пловдив. 
През 2001 г., Зелени Балкани са изготвили предложение до екоминистерството за обявяване на 5 защитени територии с цел опазване местата за струпване на вида през зимата – четири по река Марица и едно на Тунджа в град Ямбол. Заради безпокойство от рибари три от тези местности обаче са напуснати и там малките корморани вече не намират убежище за презимуване. 
През 2006г. по предложение на Зелени Балкани е обявена защитата на четвъртото от предложените зимовища. Това е днешната Защитена местност "Нощувка на малък корморан - Пловдив", която опазва най-голямото място за почивка на Малкия корморан по поречието на Марица и във вътрешността на страната изобщо. 