Промени в Закона за биологичното разнообразие предлага и служебният кабинет. Това се случва, след като подготвените промени от екипа на редовния министър на околната среда и водите Борислав Сандов не бяха придвижени за разглеждане. Спорни проекти бяха лансирани също от правителствата на ГЕРБ с ресорни министри Нено Димов и Емил Димитров и отхвърлени заради протести на граждани и учени през 2019-2020 г.

Проектът за ЗБР беше подложен на обществени консултации в рамките на служебно управление въпреки подготвяните през последните месеци промени от редовното правителство с мандат на "Продължаваме промяната" и управляващ екип в екоминистерството на "Зелено движение" като част от обединението "Демократична България".

Всички заинтересовани организации и институции призовават да се спре дългогодишното закъснение и най-сетне да се предложи един от обсъжданите варианти за администрации за управление на зоните от "Натура 2000". В настоящия проект тази тема се решава чрез увеличаване на щата на съществуващите звена за управление на национални паркове, басейнови дирекции и регионални екоинспекции, което бе част и от предложението в проекта, подготвен от екипа на Борислав Сандов в редовния кабинет "Петков".

Екипът на "Зелено движение" в министерството на околната среда обаче бе предложил като органи за управление да се ползват и звена към дирекциите на 11-те природни парка - които покриват по-голяма част от зоните от "Натура 2000" в различни части на страната и които така или иначе разходват бюджетни средства за планове за управление и консултативни съвети за биоразнообразието в същите площи.

Въпреки че проектът на служебното правителство е мотивиран с няколкото наказателни процедури за "Натура 2000", реално мотивите му не разясняват решенията по повечето процедури, а се фокусират върху един от проблемите - липсата на органи за управление на защитените зони. Създаване на органи за управление на зоните от "Натура 2000" е едно от действията, които ЕК изисква през годините от България като действие за поправяне на пропуските в управлението, констатирани в наказателна процедура INFR(2018)2352. В рамките на тази наказателна процедура обаче се очакват още редица промени в българските действия за защита на биоразнообразието - обявяване на специални защитени зони и определяне на специфични за всяка зона цели и мерки за опазване за опазваните в тях обекти.

Извън органите за управление други критики от природозащитни организации, които са коментирали с екипа на Борислав Сандов предишния вариант за промени в ЗБР, са по останалите проблеми с наказателни процедури. Според тях все още не се гарантират добре с промените, предлагани от служебното екоминистерство, залагането на конкретни цели за защита на всяка от защитените зони, мерки, гарантиращи спиране на увреждането им, и редовни научни изследвания.

В становището на Асоциацията на парковете в България (АПБ) се посочва например, че изключването на природните паркове от звената за управление на "Натура 2000" ще доведе до "разпиляване на бюджетни средства, отчитайки, че дирекциите на природните паркове изготвят и прилагат плановете за управление за защитените територии", като предстои разработване и приемане на два плана за управление с мерки, касаещи биологичното разнообразие, прилагани от две различни институции в една и съща територия.

Според становището на Асоциацията на парковете остават 5 наказателни процедури срещу България за "Натура 2000", които не са адресирани чрез обсъждания проект, въпреки заявката в мотивите му. Една от тях от 2021г. вече е в съдебна фаза.

АПБ предупреждава също, че проектът за ЗБР на служебното правителство предвижда възможност да се създават планове за управление на части от защитени територии, което противоречи на чл. 6 от Директива 92/43/ЕИО, изискваща цели на ниво защитена зона, а не на ниво част от защитена зона. Нарушение на европейските правила според Асоциацията на парковете е също промяната в ЗБР, с която се предвижда в срок до 4 години в Плановете за управление да се въведат мерките за предотвратяване на увреждането на природни местообитания и на застрашаването и обезпокояването на видовете. АПБ обаче настоява, че това е нарушение на Директива 92/43/ЕИО, която изисква "страните членки да определят и вземат мерките постоянно, когато съществува заплаха за влошаване, а не към 2026 година най-рано, както предвижда законопроектът".

Становището на Световния фонд за дива природа (WWF - България) подчертава също проблемите, които новият проект би създал с планиране на управление за части от защитени зони. Според природозащитниците "създаването на ново ниво на планиране" на консервационни и превантивни мерки ще усложни допълнително националната транспозиция на двете директиви на ЕС, вместо да реши натрупаните проблеми. Те смятат също, че проектът за ЗБР не изяснява взаимоотношенията между заповедите за всяка зона и плановете за управление.

Становищата и на АПБ, и на инициативата "Зелени закони" подчертават, че предвиждането на проекта за ЗБР на сложебното екоминистерство научните данни за биоразнообразието да бъдат утвърждавани или отхвърляни от министъра на околната среда противоречат на стандартите за научна верификация и независимост.

WWF и "Зелени закони" пък се обединяват в искането от законопроекта да отпадне предвиждането за създаването на разширен съвет към експертния Национален съвет за биологичното разнообразие (НСБР) към екоминистерството. В предложенията от служебното правителство се предвижда в разширения НСБР да има мнозинство на структури, които имат преди всичко икономически интереси в защитените зони.

Според WWF такъв икономически състав "ще създаде условия за драстично изкривяване на стратегическите документи, засягащи управлението на мрежата", като природозащитниците настояват, че само познаването и ползването на най-добрата налична научна информация за биологичното разнообразие "е в основата на постигането на целите на директивата и това е систематично тълкуване в съдебната практика на Съда на Европейския съюз". Според "Зелени закони" пък консултативните процеси със заинтересованите страни трябва да се случват по реда на Административно-процесуалния кодекс, а НСБР да запази строго експертните си функции на консултативен орган по специфичните теми на управлението на биоразнообразието към министъра на околната среда и водите.