През годините е имало засилен интерес за отслабване на защитата на националния парк и разширяване на зоната за строителство на туристическа и ски инфраструктура
Осми ноември се чества като рожден ден на националния парк "Пирин", въпреки че на тази дата през 1962 г. е обявена защита за съвсем малка част от неговата настояща площ - едва 6200 хектара. Тогава е защитен само "Народен парк Вихрен" - горските масиви, разположени в най-високите части на планината 
През 1974 г. с указ на министерството на горите той е преименуван на "Народен парк Пирин", а територията му е значително увеличена. За Национален парк с територия 40 332.4 хектара е обявен през 1998 г. след приемането на Закона за защитените територии в Република България 
Според Закона за защитените територии националните паркове са категория защитена територия с най-висока степен на опазване на природата, в сравнение с която повече режими за защита имат само резерватите, които обаче са с много по-малка площ.
В България има три големи национални парка - и трите високопланински - в Пирин, Рила и Централен Балкан. Като планина Пирин отстъпва по височина на Рила, но впечатлява туристи, които са любители на по-суров алпийски и карстов пейзаж
От гледна точка на защита на биоразнообразието национален парк "Пирин" защитава различни ендемитни растения, типични за карста, освен редките мурови гори в резерватите "Баюви дупки - Джинджирица" и "Юлен".
В национален парк "Пирин" се срещат около 1/3 от видовете растения в България. Повечето от българските и балканските ендемити (видове, намиращи се само в страната и на Балканския полуостров) са широко разпространени в парка, а освен тях тук има и 18 локални ендемита - видове, които растат само в Пирин и никъде другаде по света
В национален парк "Пирин" над градовете Разлог и Банско се намират резерватите "Баюви дупки - Джинджирица" и "Юлен", в които има запазени ценни вековни гори и местообитания на балканския субендемит черна мура - освен на Балканите това дърво расте само в Калабрия (Италия). В България черната мура расте естествено само в планините Пирин и Славянка - черните мури на Витоша са засадени там от човека 
Националният парк съвпада и с две едноименни зони от европейската мрежа "Натура 2000" - за опазване на дивите птици и за местообитания и редки биологични видове.
Той е дом и на една от най-стабилните популации на дива коза в България. В Пирин постоянният приток и присъствие на туристи защитават донякъде тези животни от незаконния лов, който рядко бива успешно наказван
Национален парк "Пирин" е вписан в Списъка на световното културно и природно наследство на ЮНЕСКО през 1983 г. В България през годините е имало засилен интерес за отслабване на защитата на националния парк и разширяване на зоната за строителство на туристическа и ски инфраструктура. Последните граждански протести през 2018 г. успяха да спрат планирани от серия правителства промени без екооценка на плана за управление на национален парк "Пирин", с които строителството щеше да бъде разширено. 
Последното редовно правителство с мандат на "Продължаваме промяната" и управление на екоминистерството от екип на "Зелено движение" е предложило прекратяване на концесията на ски зоната край град Банско, разположена в националния парк. Констатирани са превишени параметри на строителството, частна собственост върху държавни съоръжения и неплатени концесионни такси. 
