Паркът е едно от най-значимите и най-сигурни убежища за кафявата мечка и е дом на най-голямата популация на балканска дива коза у нас. Знакови са Седемте Рилски езера, върховете Мусала и Мальовица, които се посещават целогодишно. Изграждането на лифт до Седемте Рилски езера обаче създаде лесен достъп за хиляди туристи, които от години оказват негативно въздействие на екосистемата и езерата в местността.

Според управата на парка, цитирана от БНР, популацията на много животински видове в Рила се е увеличила, биологичното разнообразие се е възстановило и е нараснало, открити са и редица нови видове.

В същото време от 2007 г. всички управляващи отлагат приемането на важни защитени зони от европейската мрежа "Натура 2000" в Рила, които са изключително важни за опазване на вековните гори и води там, именно водите в Рила снабдяват с питейна вода София и още няколко града.

Заради неприетите защитени зони ЕК води срещу България една съдебна процедура по Директивата за защита на птиците, а скоро ще има и такава съдебна процедура по Директивата за местообитанията. Делото е свързано с неизпълнение на задължението за опазване на уникалните местообитания и на важни видове птици. Българските власти не са разширили зоната, поставена под специална защита, за да се предпазят по необходимия начин застрашените видове диви птици. Рила е най-високата планина в България и на Балканския полуостров, и е сред най-ценните площи в страната и в ЕС за опазването на 20 уязвими вида птици.

Вместо да се задействат, от Министерството на околната среда и водите реагираха на заведеното дело през лятото на 2016 г с изявление, че финалното решение на българската държава за новата защитена зона "Рила-буфер" ще бъде взето след две години.

Подготвеното до този момент предложение за план за управление на Рила, според екологичните организации, отслабва защитата му.